Obecny kształt kościoła nadany został mu w momencie przebudowy na układ bazylikowy, co miało miejsce jeszcze pod koniec czternastego wieku. Fasada świątyni ujęta jest w dwie wieże, a mianowicie wieżę północną, zwaną także wyższą, która liczy sobie osiemdziesiąt dwa metry. Z wieży tej codziennie grany jest hejnał mariacki, który jest jednym z ważniejszych symboli miasta Krakowa. Druga z wież, czyli wieża niższa, czy też południowa posiada sześćdziesiąt dziewięć metrów i to w niej znajduje się dzwonnica kościelna. Wzniesiona została na planie kwadratu i posiada bardzo wyraźnie zaznaczony podział kondygnacji. Na piętrze znajduje się także renesansowa kaplica.
